Họ không nói ở đâu, nhưng nhiều nơi được biết là có mạng lưới quân khủng bố al-Qaida của Osama bin Laden, gồm có Somalia, Yemen, Sudan và Cheynya trên lãnh thổ nước Nga. Các nơi này đều có đa số Hồi giáo, với những vùng rộng lớn từng bị chiến tranh tàn phá, có rất ít hay không có sự kiểm soát của chính quyền trung ương.
Đại tướng Tommy Franks, tư lệnh cuộc chiến Afghanistan, đã cho thấy một trong những dấu hiệu mạnh nhất về các mặt trong bóng tối của cuộc chiến Afghanistan. Nói với AP trên hàng không mẫu hạm Theodore Roosevelt hôm thứ ba, Franks nói những cuộc hành quân công khai hay kín đáo của Mỹ "hiện đang diễn ra ở rất nhiều nơi".
Những cuộc hành quân đó "nhằm tiêu diệt những ổ khủng bố". Franks nói như vậy nhưng không chịu cho biết rõ chi tiết.
Đại tá Richard Thomas, phát ngôn nhân bộ Tư lệnh Hành quân trung ương do tướng Franks chỉ huy, nói: "Tôi nghĩ đại tướng Franks không chịu nói rõ vì những lý do hiển nhiên. Hiện nay rất nhiều việc đang tiến hành. Có những việc đã có báo cáo, có những việc chưa có".
Các giới chức bộ quốc phòng Mỹ nói họ vẫn chú trọng đến việc tiễu trừ cho hết gốc rễ al-Qaida và Taliban ở Afghanistan. Nhưng họ nhấn mạnh cuộc chiến không chấm dứt ở đó và còn nhắc đến nhiều nước có al-Qaida ẩn núp hay bao che khủng bố. Trong số những nước đó có Yemen, nguyên quán người cha tỷ phú của bin Laden. Ông này là một nhà kinh doanh xây dựng tên Mohammed Bin-Award Binladin đã chết từ lâu.
Hôm thứ tư, phát ngôn nhân bộ Ngoại giao Mỹ cải chính tin nói Mỹ đã yêu cầu Yemen cho phép quân đội Mỹ tham gia cuộc lúc soát truy tầm bọn khủng bố al-Qaida ở nước này. Hiện quân đội Yemen dang truy lùng bọn al-Qaida từ ngày 18-12 và ít nhất đã có 24 lính và 6 dân bộ tộc bị giết.
Tại Somalia, nơi quân du kích do bin Laden huấn luyện đã bắn rơi hai trực thăng Mỹ trong toán quân bảo vệ hòa bình năm 1993, khiến 18 lính Mỹ chết, một số giới chức Mỹ mới đây đã hội kiến với các giới chức an ninh nước này, nhưng bộ quốc phòng Mỹ nói các giới chức đó không phải là người của quân đội.
Sudan là nước bin Laden đã trú ngụ nhiều năm trước khi đi Afghanistan năm 1996. Năm 1998, Mỹ đã đánh phi đạn vào nước này để trả đũa vụ quân khủng bố đánh bom hai Sứ quán Mỹ ở Kenya và Tanzania.
Mạng lưới khủng bố của bin Laden cũng có liên hệ với Chechnya, một vùng đòi ly khai khỏi nước Nga. Nơi đây quân Hồi giáo đã đánh nhau với quân chính phủ Nga từ nhiều năm qua. Trước đây, Mỹ chỉ trích Nga đã mở cuộc hành quân càn quét ở Chechnya, nhưng sau ngày 11 tháng 9, Mỹ không còn chỉ trích nữa.
Các giới chức quân sự Mỹ vẫn nói tổ chức al-Qaida có mặt trong 50 hay 60 nước trên thế giới, như vậy vẫn để ngỏ cửa cho một cuộc hành quân của Mỹ ở nhiều nước khác. Tổng Thống Bush đã chỉ trích Iraq không chịu cho các thanh sát viên LHQ đến kiểm tra vũ khí, mặc dù ông không tố cáo Iraq liên can đến cuộc tấn công khủng bố ngày 11-9 ở Mỹ.