Ông Louis Freeh khẳng định: "Bộ tư pháp Hoa Kỳ và cơ quan FBI chúng tôi có đầy đủ bằng chứng để chứng minh trước tòa 59 tội trạng mà chúng tôi đã cáo buộc đối với tiến sĩ Lee. Những bằng chứng đó đã có giá trị khả tố ngay từ tháng 12 năm 1999 và cho đến nay, những bằng chứng đó vẫn có hiệu lực. Tuy nhiên, vì không muốn những bí mật về vũ khí nguyên tử của Mỹ có thể bị tiết lộ trong tiến trình xét xử nên chúng tôi đồng ý đi đến thỏa thuận cho tiến sĩ Lee hưởng án tù tương đương thời gian ông bị giam cứu."
Cũng trong cuộc điều trần tại quốc hội, bà Janet Reno, tổng trưởng tư pháp Hoa Kỳ, đã thẳng thắn bác bỏ quan niệm cho rằng, "tiến sĩ Wen Ho Lee là một anh hùng của nước Mỹ, một khoa học gia thuộc loại đãng trí". Bà Reno tuyên bố: "Tiến sĩ Wen Ho Lee không phải là một anh hùng. Ông ta cũng không hề là một vị giáo sư đãng trí như nhiều người tưởng. Trái lại, ông ta là một người phạm tội, và phạm tội một cách nghiêm trọng, có tính toán. Chính ông ta đã thú nhận điều này." Bà Reno cũng nhấn mạnh, "Từ khi bị câu lưu cho đến khi được trả tự do, tiến sĩ Lee được đối xử bình thường như tất cả những người khác trong trung tâm giam cứu Santa Fe."
Khi được hỏi về những lời đe dọa "cho nghi can lên ghế điện" của nhân viên FBI trong tiến trình thẩm vấn tiến sĩ Lee, giám đốc Louis Freeh thừa nhận, đó là sự lầm lỡ của nhân viên thừa hành. Tuy nhiên, cả giám đốc FBI Freeh lẫn nữ bộ trưởng tư pháp Reno đều trước sau khẳng định, tất cả những gì tiến sĩ Wen Ho Lee phải trải qua trong thời gian qua thuần túy xuất phát từ những tội lỗi ông đã phạm, tuyệt nhiên không có truyện kỳ thị Á Châu như một số người quan niệm.
Tưởng cũng nên nói thêm, tờ Washington Post trong số báo phát hành trên Internet ngày 26 tháng 9, khẳng định, tiến sĩ Lee đã thủ đắc trái phép những tài liệu về vũ khí nguyên tử của Mỹ và lưu trữ trong 20 cuộn băng computer, không phải trong 10 cuộn như ông đã thú nhận