Hoa Kỳ tái lập các quan hệ quân sự với Indonesia hồi Tháng 11-2005. Các tổ chức nhân quyền chỉ trích quyết định này là quá sớm, chỉ nhằm mở rộng các hợp tác chống khủng bố, thiếu thực chất cải tổ. Quan hệ quân sự với Hoa Kỳ bao gồm các tài trợ hiện đại hóa quân đội Indonesia.
Washington ngưng quan hệ quân sự với Indonesia sau khi binh sĩ Indonesia bắn đám biểu tình ở Đông Timor năm 1991, gây thiệt mạng hàng chục người. LHQ ước lượng dân quân thân Jakarta đã giết hại khoảng 1000 người Timor.
Ngoại Trưởng Rice cũng kêu gọi Indonesia và các lân bang chú ý tới an ninh hàng hải và các tổ chức tội ác vận chuyển ma túy, vũ khí và người qua các thủy lộ trong vùng. Bà Rice nói "đông nam Á nhiều biển, an ninh hàng hải là ưu tiên rất cao, Hoa Kỳ sẵn sàng giúp Singapore, Indonesia, Malaysia và Thái Lan bảo đảm an ninh eo biển Malacca, nơi 25% dầu và hàng hóa của thế giới đi qua". Sau Indonesia, bà Rice thăm Australia 3 ngày.