Chính phủ Bush bào chữa việc giam giữ tù bắt ở Afghanistan giam tại Guantanamo như là công cụ quan trọng để ngăn chận cuộc nổi dậy ở Iraq, duy trì ổn định tại Afghanistan, và để tìm kiếm tình nghi khủng bố ngoài đường.
Số tù tình nghi khủng bố tăng đều kể từ ngày nhân viên bán quân sự của CIA tới Afghanistan vào mùa thu 2001, mở ra trên 20 cơ sở giam giữ và thẩm vấn như "Salt Pit", 1 nhà xưởng bỏ không ở ngoại ô Kabul.
Số tù tình nghi tại Iraq cao nhất là 13,900 người vào ngày 1-11 vừa qua, vào lúc Hoa Kỳ mở chiến dịch tảo thanh gần biên giới Syria để tăng cường an ninh trước cuộc bầu cử QH.
Cơ quan lập pháp và các tổ chức nhân quyền nêu ra các quan ngại về sự đối xử với tù nhân, gồm đa số là đàn ông Hồi Giáo.
Các viên chức hành pháp thường nói rằng các hướng dẫn về khai thác tin tình báo từ tù tình nghi khủng bố là phù hợp với luật pháp, chiến dịch cấm đoán sẽ trói tay ông TT.
PTT Dick Cheney đã vận động các nhà lập pháp cho CIA được miễn trừ.
Tuần qua, TT Bush tuyên bố "Kẻ thù mưu toan và muốn hại nước Mỹ nữa nên chúng ta phải tích cực săn đuổi chúng - nhưng, chúng ta sẽ làm việc ấy theo luật". Theo các con số của cac viên chức tại Baghdad và Washington, khoảng 82,400 người bị giam ở Afghanistan và Iraq, nhiều người được thả không lâu sau khi thẩm vấn. Trại Guantanamo hiện còn 500 người, có luc giữ 700 người. Ngũ Giac Đài cho biết tại Iraq có 5569 người bị giữ lâu hơn 6 tháng, 3801 người trên 1 năm, 229 người trên 2 năm.
Các viên chức nói số người bị ngược đãi là ít, trong khi các tổ chức nhân quyền bảo rằng mức độ lạm dụng là không thể biết được trừ giả định rằng mọi lạm dụng được báo cáo tức thì.
Tính vào Tháng 3, người ta được biết 108 tù chết trong nhà giam của quân đội và CIA, gồm 22 người chết khi quân nổi dậy tấn công khám đường Abu Ghraib và những người chết vì nguyên nhân tự nhiên. Ít nhất 26 người chết đã bị thẩm vấn như là can phạm giết người.
Nghị sĩ John Warner, chủ tịch Uy Ban quân vụ, cho biết 95 người bị truy tố do kết quả của trên 400 cuộc điều tra, 75 người đã bị kết tội. 1 số tù nhỏ hơn nhiều bị giam giữ bí mật ở ngoại quốc, gồm Thái Lan, Trung Á và Đông Au. Chính phủ Thái Lan và 1 số nước Đông Âu phủ nhận hoạt động giam giữ của CIA tại nước họ và CIA cũng chối. Trong khi các viên chức không công nhận, trên 24 tù nhân "giá trị cao" bị CIA giữ, trong số này có không tặc Khalid Shaikh Mohammed, kẻ chủ mưu vụ 11-9.