Theo các nhà chuyên môn dùng nhiên liệu làm bằng bắp, đường sẽ gây ô nhiểm môi sinh còn dùng nhiên lieu xăng dầu và than đá trên phương diện tàn phá môi sinh.
Liên Au đã đề nghi phải dùng nhiên liệu thay thế 10% trước 2020, điều này làm cho thị trường nhiên liệu thay thế kiếm bạc tỷ. Nhưng hậu quả là những nước nghèo sẽ thiếu báp vì bắp giá lên cao. Rừng sẽ bị tàn phá để có đất trồng bắp, mía để làm chất ethanol để thay thế cho xăng dầu.
Đó là tiên đoán của Jưrn Scharlemann và William Laurance, của Smithsonian Tropical Research Institute ở Panama, viết trên tạp chí Science. Nhà khoa học Rainer Zah của Empa Research Institute ở Thụy sĩ cũng có lời báo động như thế.
Thí nghiệm của viện sau này cho thấy nhiên liệu thay thế làm bằng thực vật đồng ý chỉ thải 30% khí thải so với nhiên liệu hóa thạch. Nhưng ảnh hưởng của việc sản xuất nhiên liệu hữu cơ sẽ đem lại nhiều hậu quả tai hại cho môi sinh khi sản xuất bắp, đường, đậu nành để làm ra nhiên liệu thay thế.