Nhưng thời điểm ông Peterson xin từ chức - gửi đơn ngày thứ ba 22-5 và công bố ngày thứ tư 23-5 - có vẻ đột ngột khiến chính những người chờ đợi việc này cũng thấy bất ngờ. Chúng tôi nghĩ giai đoạn mới không phải cho sự nghiệp chính trị của vị Đại sứ đầu tiên của Mỹ tại Hà Nội thời hậu chiến Việt Nam, mà là giai đoạn mới cho mối quan hệ giữa Hà Nội và Washington. Chỉ trong hai ba tuần qua nhiều biến cố dồn dập đã xẩy ra. Trước hết là việc Mỹ chấp nhận cho 34 người dân Thượng từ Việt Nam chạy qua Cam Bốt khiến Hà Nội chính thức đối đầu, tố cáo Mỹ can thiệp vào việc nội bộ của Việt Nam. Nhưng lời tố cáo đó đã nhằm sai chỗ, bởi vì Mỹ không có quyền quyết định quy chế tị nạn của những người chạy qua nước khác, chỉ có Cao ủy Tị nạn LHQ mới có quyền đó, bởi vậy Mỹ chỉ đón nhận những người Thượng sau khi cơ quan LHQ xác định họ là người tị nạn thực sự. Có lẽ vì bị hố một lần như vậy nên tuần này, khi Cao ủy Tị nạn LHQ khuyến cáo Cam Bốt không được trục xuất những người Thượng tị nạn trở về Tây nguyên, Hà Nội đã tố Cao ủy Tị nạn “can thiệp vào việc nội bộ của Việt Nam”. Điều khôi hài là sự nhắc nhở của LHQ chỉ liên quan đến Cam Bốt, nhưng không thấy Cam Bốt nói “can thiệp nội bộ” mà chỉ có Hà Nội hốt hoảng lên tiếng.
Nhưng đó chỉ là những bước đầu. Sau vụ người Thượng nổi loan ở Tây nguyên đưa đến những phản ứng mạnh trên chính trường Mỹ, Hà Nội liệu chừng tình thế không ổn nên đã hối thúc Mỹ phê chuẩn ngay thương ước, hết yêu cầu lại đến hăm he, nhưng chính phủ Bush vẫn không chịu gửi bản văn lên Quốc hội và còn gián tiếp nói đến khả năng phải xét lại vài điều khoản mặc dù hai bên đã chính thức ký kết. Trong khi đó phong trào đỏi hỏi tự do tôn giáo ở Việt Nam tăng mạnh, Ủy ban Tự do Tôn giáo quốc tế mở cuộc điều trần ngay tại Quốc hội Mỹ, nhiều nghị sĩ dân biểu Mỹ lên án những hành động đàn áp và kiềm kẹp tôn giáo của chế độ CSVN.
Trước tình thế có vẻ sôi hỏng bỏng không, Hà Nội bèn chơi bạo, bắt giam Linh mục Nguyễn Văn Lý vì ông nhiều lần kêu gọi Mỹ không nên phê chuẩn thương ước và nói quốc tế không nên ký kết bất cứ thỏa hiệp nào với chế độ Cộng sản Việt Nam vì chế độ này chỉ cam kết mà không bao giờ thực hiện lời hứa. Vụ bắt cha Lý nổ lớn, Sứ quán Mỹ ở Hà Nội và cả phát ngôn nhân bộ Ngoại giao Mỹ lên án, đòi phải thả cha Lý, trong khi không thấy lời tuyên bố của đích thân đại sứ Peterson về vụ này. Có nguồn tin nói Tổng Thống Bush đã can thiệp nhưng bị Hà Nội gạt bỏ. Vài ngày sau Hà Nội tố thêm một nước bài nữa, cho biết Quốc hội Việt Nam bắt đầu họp một tháng nhưng không thảo luận về thương ước mà để đến khóa họp cuối năm mới xét vấn đề, với điều kiện Quốc hội Mỹ phải làm trước. Lá bài đã lật ngửa, chế độ CSVN ép Mỹ phải nhượng bộ và nếu Mỹ nhượng bộ, liệu họ có nương tay chút nào đối với Linh mục Nguyễn Văn Lý hiện bị bắt giam và đang tuyệt thực để phải đưa vào bệnh viện cứu cấp"
Chính giữa lúc có câu hỏi này đặt ra, Đại sứ Peterson tuyên bố từ chức. Sự từ chức của ông hiển nhiên có liên hệ đến tình hình gay go về vấn đề phê chuẩn thương ước. Từ khi tựu chức đại sứ tại Hà Nội năm 1997, Peterson là người đã tích cực góp phần dàn xếp để Mỹ và Việt Nam thương thuyết bình thường hóa quan hệ giao thương mà đỉnh cao chót là việc ký kết thương ước vào tháng 7 năm 2000. Hà Nội đã cù cưa kéo dài thương thuyết đến 3 năm trời chỉ vì nội bộ không nhất trí, nhưng đến lúc kinh tế xuống dốc rút cuộc phải ký. Ký rồi Hà Nội không chịu phê chuẩn ngay, để rồi qua năm nay chính quyền Mỹ có sự thay đổi.
Trong lời loan báo quyết định từ chức, Peterson nói ông vẫn hy vọng thương ước được phê chuẩn trước ngày ông ra đi. Hà Nội đã nói cuối năm mới phê chuẩn và Mỹ phải làm trước. Lời tuyên bố của ông Peterson hiển nhiên cho thấy ông đã biết đích xác một tin mà giới truyền thông chưa kịp loan ra. Vài giờ đồng hồ sau tin từ Washington cho biết chính phủ Bush đã bị một nhóm dân biểu nghị sĩ làm áp lực nên phải gửi bản thương ước đến Quốc hội trong vài ngày tới. Áp lực đã gia tăng từ Việt Nam, nơi có các quyền lợi kinh doanh Mỹ đang nôn nóng bực bội về chính sách của Tổng Thống Bush và cũng là nơi có một chế độ cai trị độc đoán đã lật ngửa lá bài chơi với Mỹ chỉ vì thời gian sắp hết hạn. Theo luật Mỹ, đến ngày 3 tháng 6, Tổng Thống Bush phải quyết định có nên bãi miễn điều khoản luật “Jackson-Vanik” cho Việt Nam thêm một năm nữa hay không. Trong 3 năm liền trước đây, Tổng Thống Bill Clinton đã bãi miễn việc áp dụng diều khoản này đối với Việt Nam, để các công ty Mỹ buôn bán với Việt Nam được vay tiền của Ngân hàng Xuất-Nhập cảng Mỹ và các khoản viện trợ khác.
Lá bài đã lật ngửa, Mỹ đã nhượng một bước để sẵn sàng phê chuẩn trước thương ước. Ai thắng ai thua trong ván này" Nếu sự nhượng bộ của Mỹ chỉ có lợi cho các công ty kinh doanh Mỹ, mà không có lợi chút nào cho cuộc đấu tranh tự do tôn giáo và nhân quyền ở Việt Nam, đó là điều đáng buồn.