Khó khăn lớn nhất hiện ở phía sau tiến trình cổ phần hoá liên quan đến sự đánh giá tài sản của các công ty ứng viên. Ví dụ, giá trị đất đã không sáp nhập vào tài sản được kiểm toán và điều nầy cho lợi thế đối với các QD tại các quận 1, 3, 5, những nơi mà các vị trí chính yếu giúp cho việc kinh doanh tốt cho họ hơn các nơi khác trong thành phố khi đưa vào cổ phần hoá.
Mặc dù chính phủ đã đưa ra nhiều hướng dẫn chi tiết và các quy định quản lý tiến trình cổ phần hoá, nhưng vẫn còn khó khăn để đưa các điều trên vào thực tế, theo các nhà doanh nghiệp cho biết. Khi chuyển thể cổ phần hoá thì sẽ tước đi các doanh nghiệp một số quyền nào đó mà họ phải có khi là hãng quốc doanh. Các doanh nghiệp đã cổ phần hoá sẽ phải dùng tài sản của mình thế chấp để vay ngân hàng trong lúc các công ty quốc doanh được miễn thế chấp. Điều nầy làm nản lòng các công ty ứng viên trong việc hoàn tất các thủ tục đòi hỏi nhanh chóng để trở thành công ty cổ đông.
Thêm vào đó, một số doanh nghiệp đã xin chính phủ đình chỉ cổ phần hoá của họ theo yêu cầu vì các khó khăn về tài chánh. Trường hợp điển hình được nêu bật lên tại hội nghị là Công ty Kinh Doanh và Phát Triển nhà Tân Bình, thuộc Sài Gòn Địa Ốc Công ty.
Sau khi hoàn tất mọi thủ tục đòi hỏi để vào cổ phần hoá vào hạn chót ngày 3/10/2000, công ty đã đề nghị hoãn lại vì không thể thu hồi 50.39 tỷ đồng tiền nợ từ những người mua nhà trả góp và 5.12 tỷ lương nhân viên. Đây là trở ngại lớn cho công ty tiếp tục chương trình cổ phần hoá, Nguyễn Văn Lành, chủ tịch công ty, cho biết.
Các doanh nghiệp cũng đưa câu hỏi rằng Quỹ Hỗ Trợ cho Tái Cấu Trúc QD đã có 86 tỷ đồng hồi đầu năm 2001 và đã thu thêm 104 tỷ đồng ở chín tháng đầu năm nay, nhưng chỉ mới 47 tỷ đồng được chi cho tiền bồi thường và huấn luyện nhân viên, trả nợ của các hãng quốc doanh lúc mua cổ phần QD lúc trước.
Bất kể những khó khăn, "hầu hết các doanh nghiệp đã cổ phần hoá đang điều hành với lợi nhuận và các công nhân của họ được việc làm ổn định," theo đánh giá của Hội Đồng TP Sài Gòn về Phát Triển Cổ Phần Hoá và Cài Cách.
TP Sài Gòn đã chọn ra 82 công ty quốc doanh và cho tên vào cổ phần hoá. 73 trong số đó đã ghi danh hoạt động theo luật doanh nghiệp. Các doanh nghiệp nầy đã phối hợp vốn hợp pháp gồm 1.003 tỷ đồng với 225.9 tỷ của nhà nước, và huy động thêm 214.4 tỷ qua việc bán cổ phiếu.