Theo báo cáo của ông Chan Chun-yan, phụ ủy trung tâm huấn cải Hắc Linh Châu, nguyên nhân dẫn đến cuộc bạo loạn là do hai tù nhân người Việt cãi lộn với các tù nhân Hồng Kông. Cuộc cãi lộn bắt đầu xảy ra vào lúc chiều Chủ Nhật tại canteen của trung tâm. Lúc đó, trong canteen có khoảng 40 tù nhân, đại đa số là tù Hồng Kông. Cũng theo lời ông Chan, mặc dù nhân viên cải huấn đã can thiệp để hòa giải, hai tù nhân người Việt đã hành hung tù Hồng Kông trước. Ngay sau đó, khoảng 40 tù trong canteen và 70 tù Hồng Kông khác ở bên ngoài đều đổ sô tới tính bề hội đồng hai người tù VN. Trước sự phẫn nộ đầy nguy hiểm của đám đông, lập tức nhân viên an ninh của trại hộ tống hai tù nhân Việt Nam trở về nhà giam. Tuy nhiên, khoảng 100 tù nhân Hồng Kông tiếp tục kéo theo, vừa đi vừa la ó, thái độ vô cùng giận dữ. Số lượng tù Hồng Kông tụ tập lên tới trên 200 người và những tù nhân Hồng Kông này một mực không chịu giải tán, nhất định đòi ban giám thị phải trao hai tù nhân Việt Nam để họ "xử tội".
Khoảng 7 giờ tối Chủ Nhật, giám thị trưởng Mui Kwok-keung đã thương thuyết 45 phút đồng hồ với tù Hồng Kông, nhưng không thành công. Trong khi đó, một số tù Hồng Kông đã nổi lửa đốt một số văn phòng trong trại cải huấn. Trước tình thế đó, ban giám đốc trung tâm đã phải gọi điện thoại yêu cầu cảnh sát từ Hồng Kông gửi viện trợ tới để tăng cường an ninh trên đảo. Trong khi khoảng 500 cảnh sát đang trên đường tới đảo, đột nhiên một số tù Hồng Kông la lên: "Mấy thằng chó đ... Việt Nàm nhần sang đây ở nhờ sao dám đánh tụi tao"" "Đuổi cổ hết tụi Việt Nàm nhần về cho cộng sản Hà Nội trừng trị!" Chính những tiếng la hét này đã đổ dầu vô lửa khiến hơn 200 tù Hồng Kông có mặt la hét, ném gạch đá, và cuộc bạo loạn bùng nổ.
Tuy nhiên, theo bài viết của Antoine So, nguyên nhân dẫn đến cuộc bạo loạn đã nảy nở từ một năm qua. Tại trung tâm cải huấn Hắc Linh Châu có 446 tù Hồng Kông và 13 tù Việt Nam. Tất cả đều là những tù nghiện ngập ma túy được gửi đến đây để điều trị cho hết nghiện. Tuy nhiên, khác hẳn phần đông những tù địa phương gầy gò ốm yếu, 13 tù Việt Nam đều có cơ thể cường tráng, khỏe mạnh. Vì vậy, họ được ban giám đốc trại cho làm một số việc nhằm cải thiện đời sống tù nhân. Hơn nữa, những tù nhân Việt Nam còn dễ bảo, chịu khó làm việc, và biết kính nể ban giám đốc trại ra mặt. Kết quả, họ được ưu đãi hơn. Thậm chí tù Việt Nam còn được nấu cơm riêng, có quạt máy vào mùa hè, máy sưởi vào mùa đông. Chính sự phân biệt đối xử đã là nguyên nhân dẫn đến sự mâu thuẫn ngày càng tăng giữa tù Hồng Kông và tù Việt Nam.
Giải thích cho sự phân biệt đối xử, ông Mui cho biết, theo luật lệ của Liên Hiệp Quốc, những nhóm tù thiểu số phải được ban giám đốc trại quan tâm hơn. Đây là lý do chính chứ không phải vì tù Việt Nam lễ độ hơn tù bản xứ. Được biết, ông Mui nguyên là một trạng sư, làm việc cho bộ cải huấn Hồng Kông đến nay là 25 năm. Trong cuộc bạo động vừa qua, ông bị thương nhẹ ở tay vì bị tù nhân ném đá chẳng may trúng ông.