Năm 1994, vị Hòa Thươmng 73 tuổi đã định thực hiện một cuộc cứu trợ như vậy, nhưng đã bị bắt và cầm tù trong 3 năm rưỡi. Hòa Thượng nói với Reuters: “Tôi không sợ chuyện đó...Tôi không biết năm nay chuyện đó có xẩy ra cho tôi không. Tôi sẽ tìm cách ra đi. Nhưng tôi chưa biết có đi được hay không”.
Thiền viện của Ngài vẫn bị Công an bao vây canh gác chặt chẽ từ tháng 3 năm 1999 khi Ngài đi thăm Hòa Thượng Thích Huyền Quang, Hội trưởng GHPGVNTN, bị giam lỏng trong chùa ở Quảng Ngãi từ năm 1961. HT Thích Quảng Độ đã từng bị giam giữ hay tù đầy hơn 20 năm vì tranh đấu cho tự do tôn giáo. Ngài vẫn bị gián tiếp giam lỏng trong Thiền viện.
Ngài nói: “Trên nguyên tắc tôi được tự do, nhưng tôi vẫn bị công an thường phục canh chừng. Tôi có thể đi đến bất cứ nơi nào tôi muốn, nhưng công an bám sát, canh xem tôi đi đâu và đi lúc nào”.
Sự phản kháng của HT Quảng Độ xẩy ra trước ngày Tổng Thống Clinton đến thăm Việt Nam. Ngài nói Ngài muốn viết thư cho Clinton yêu cầu Tổng Thống Mỹ giúp Việt Nam về tự do tôn giáo, nhân quyền và dân chủ.
Ngài nói: “Tôi sẽ yêu cầu ông ấy giúp chúng tôi làm sao thực hiện được những điều đó thật mau lẹ, càng sớm càng tốt cho chúng tôi. Vì theo quan điểm của tôi, nếu không có những quyền đó, nước tôi không thể phát triển được kinh tế”.