Cuộc tranh cãi kéo dài 1 năm qua giữa chính quyền Hà Nội với vị trụ trì là Hòa Thượng Thích Thanh Khánh, và vị phụ tá là Đại Đức Thích Tâm Kiến, đã thu hút sự lưu ý của các tổ chức Phật Giáo khắp thế giới.
Cuộc tranh cãi bắt đầu khi Hội Đồng Nhân Dân quận Ba Đình (Hà Nội) ra văn thư không công nhận Hòa Thượng Thánh Khánh là người trụ trì, và đuổi Đại Đức Tâm Kiến ra khỏi Chùa Một Cột, giao chùa cho sư quốc doanh. Hòa Thượng Thanh Khánh đã phản ứng tức khắc bằng kháng thư gửi các nhà lãnh đạo đảng và chính quyền CS; khu hội Chùa Một Cột cũng gửi thỉnh nguyện thư phản đối vụ trục xuất là “bất hợp pháp và phản văn minh”, viện dẫn 1 sắc lệnh, theo đó chính quyền có quyền chấp thuận, chứ không chỉ định các vị giáo phẩm.
Theo văn thư của HĐND quận Ba Đình, hai nhà sư Thanh Khánh và Tâm Kiến phải giao chùa vào ngày 30-4, nếu không các cơ quan thẩm quyền sẽ có biện pháp cưỡng chế. Gần 2 tháng đã trôi qua, Đại Đức Tâm Kiến nhận thấy chưa có nỗ lực nào nhằm tống xuất Ngài. Hòa thượng nói “Nếu nhà cầm quyền định tống xuất tôi, các Phật Tử sẽ cản trở”, và cho biết tiếp “Cây ngay không sợ chết đứng”.
Đại Đức Tâm Kiến giải thích nguyên nhân chính mà Quận Ba Đình muốn tịch thu Chùa Một Cột là vì quyền lợi tiền bạc: Chùa Một Cột là địa điểm đang được du khách viếng thăm, và nhà nước muốn chiếm chùa để biến thành trung tâm du lịch nhằm thu hút ngoại tệ. Đại Đức Tâm Kiến cũng đã trở thành nhà sư thuộc Giáo Hội nhà nước đầu tiên và duy nhất kêu gọi hỗ trợ từ các nhóm bất đồng chính kiến hải ngoại chống lại việc nhà nước đòi tịch thu Chùa.