Cũng theo phúc trình, môi trường sống của các loài, từ san hô cho đến rừng nhiệt đới đang đối diện với sự đe dọa nặng nề. Vấn đề này sẽ được đặt ra tại cuộc hội nghị của Liên Hiệp Quốc tổ chức tại Curitiba, Ba Tây từ ngày 20 đến ngày 31-3-2006.
'Thực tế là chúng ta phải chịu trách nhiệm về 6 nạn tuyệt chủng chính trong lịch sử của trái đất, mà thê thảm nhất là sự biến mất của loài khủng long, 65 triệu năm về trước, trang 93 bản phúc trình Global Biodiversity nhấn mạnh như vậy.
Năm nạn tuyệt chủng còn lại xảy ra vào khoảng 205 năm, 250 năm, 375 năm và 440 triệu năm về trước. Các nhà khoa học đưa chứng cứ cho rằng sự kiện các thiên thạch va vào trái đất, núi lửa phun vọt và sự thay đổi khí hậu ngày càng tăng cao, giải thích cho năm nạn tuyệt chủng nói trên.
Theo 'Danh Sách Đỏ' do Liên Đoàn Bảo Tồn Thế Giới (World Conservation Union) biên soạn, có đến 844 loài vật và thảo mộc quý đã bị tuyệt chủng trong 500 năm qua, từ loài chim cưu cho đến loài cóc vàng ở Costa Rica. Do đó cần phải có những nỗ lực khẩn cấp bảo vệ môi trường sống, từ các sa mạc cho đến các rừng rậm nhiệt đới và chăm sóc tốt hơn các nguồn tài nguyên từ loài cá sống ở nước cho đến các loại gỗ. Hiện có khoảng 12% bề mặt trái đất nằm trong những vùng cần phải được bảo vệ trong khi có khoảng 6% vùng biển cần được bảo vệ.
Bản phúc trình cũng cho rằng các khu rừng bị mất đi hàng năm lên tới 7.3 triệu hécta (tương đương với 18 triệu mẫu) -bằng với diện tích Panada hoặc Ireland - trong khoảng thời gian từ năm 2000 đến 2005. Con số này thấp hơn một chút, so với khoảng 8.9 triệu hécta trong một năm đã bị mất đi trong thời gian từ 1990 đến 2000.
Sâu bọ cũng làm môi trường sống hàng năm thiệt hại khoảng 100 tỉ đô tại các nước Hoa Kỳ, Úc, Anh, Nam Phi, Ấn Độ và Ba Tây.
Bản phúc trình kết luận: hiện nay đang có một sự tiến triển hợp lý về sự hợp tác toàn cầu nhưng lại rất ít sự thuận lợi về sự cam kết cung cấp tiền và nghiên cứu. Ước lượng sự tài trợ hàng năm để giúp giảm đi sự tổn thất bị giảm nhiều: từ 1 tỉ đô xuống còn 750 triệu đô kể từ năm 1992.