Tại thủ đô Taipei, các chuyên viên giảo nghiệm đang làm việc xác định lý lịch các tử thi. Giới chuyên môn đã đưa ra 5, 6 giả thuyết về nguyên nhân tai nạn, là : nổ trên phi cơ, phòng lái đột ngột mất áp suất, va chạm trên không, hoặc tác xạ lầm của quân đội, nhưng chưa thấy tang chứng cụ thể phù hợp với các trường hợp kể trên.
Ông Peter Lok Kung-nam, cựu Tổng Giám Đốc hàng không dân sự Hongkong, nói : phi công không đánh điện báo nguy, cũng không có gì lạ trên màn ảnh radar, có nghĩa là tai nạn đã xẩy ra rất nhanh. Ông cũng nhắc lại trường hợp tai nạn của phi cơ TWA gần New York năm 1996, ban đầu phỏng đoán là 1 vụ khủng bố, nhưng sau tìm ra là nổ thùng xăng trên không trung. Đảo Penghu hiện là căn cứ của hoạt động cứu nạn, 83 tử thi đã được thu hồi, tập trung tại đây.
Một đoàn chuyên viên Boeing sắp tới nơi trong khi các phi cơ Beoing cùng loại được lệnh ngưng bay, chờ ý kiến của chuyên viên Mỹ. Chiếc Boeing 747-200 ngộ nạn đã bay 65,000 giờ trong 22 năm.