Trong phiên tòa ngày Thứ 3, chánh án Brinkema đã loại trừ nửa số nhân chứng của chính phủ trong chương trình điều trần. Phát ngôn viên Bộ tư pháp Tasia Scolinos mô tả quyết định của bà Brinkema là "đáng phiền", và nhắc lại rằng các công tố viên đã nhận được yêu cầu điều đình của bị can Moussaoui, có nghĩa rằng ít nhất y sẽ bị kết án chung thân. Nữ luật sư Carla Martin của cơ quan an toàn vận tải (TSA) đã chuẩn bị trước 7 nhân chứng của cơ quan Hàng không Dân Sự (FAA).
Hôm Thứ Ba, 6 nhân chứng điều trần không có mặt bồi thẩm đoàn đều là nhân viên hay cựu nhân viên FAA xác nhận rằng họ không bị ảnh hưởng của luật sư Martin, nhưng bà Brinkema nói điều ấy là không rõ. Bà Brinkema cho biết 1 số sai lầm của công tố nghiêm trọng đến mức 1 phần của vụ án do chính phủ nêu ra đã bị xói mòn nặng nề. Các công tố viên có thể chống án với Tòa phúc thẩm số 4 ở Richmond.