Ông nói: nhân danh là một thành viên trong 3 ngành phân quyền, ông chân thành xin lỗi về tình trạng ông Lee bị giam giữ bất công, vì ông đã bị chính quyền liên bang thông tin sai lạc hồi Tháng 11-99, theo đó ông Lee gây phương hại cho nền an ninh quốc gia vì đã tiếp cận những tài liệu tinh túy của kỹ thuật nguyên tử.
Mặt khác, ông Biện lý gốc Á Norman Bay, trưởng công tố của hạt tư pháp bao gồm địa phận Los Alamos, cả quyết rằng vụ án Wen Ho Lee không có yếu tố chủng tộc, mà từ khởi đầu chỉ nhằm bảo vệ nền an ninh của quốc gia. Trong khuôn khổ cuộc dàn xếp, khoa học gia Lee đã ký giấy cam kết sẽ không bao giờ có ý định gây tổn hại đến nền an ninh Hoa Kỳ, và không chuyển tài liệu đã sao chép cho bất ký đệ tam nhân nào.
Bước ra khỏi pháp đình, ông Lee tuyên bố rằng ông rất hân hoan được trở về với gia đình, và dự định sẽ đi câu trong vài ngày tới. Về phía hành pháp, mọi cáo giác đã được hủy bỏ, gồm gần 40 tội danh cáo giác ông Lee là “hành động có ý định gây hại Mỹ Quốc,” mà án phạt tương ứng là tù chung thân. Ông Lee cũng hứa hẹn giúp cơ qian FBI xác minh lời khai của ông là đã hủy 7 cuộn băng về dữ liệu vũ khí thất lạc.