Chính phủ CSVN cũng nỗ lực đàn áp Đạo Tin Lành (Protestant, có nơi dịch là Đạo Phản Thệ), đặc biệt khi tăng thêm nhiều người gốc thiểu số gia nhập các giáo hội này tại vùng cao nguyên Miền Bắc và Miền Trung. Có các bản tin nhận được về việc trấn áp và hạch sách những người Tin Lành gốc dân Hmong tại các tỉnh Lai Châu, Lào Cai và Hà Giang, người Mnong ở tỉnh Bình Phước, người Bahnar ở tỉnh Gia Lai, và người Hre ở tỉnh Quảng Ngãi.
Vào tháng 1, tập san nhà nước Pháp Luật đã nặng nề chỉ trích việc dân Hmong theo đạo Tin Lành tại tỉnh Hà Giang. Tỉnh Ủy nơi này nói rằng một đơn vị đặc nhiệm cấp huyện đã được thiết lập để “đối phó với việc truyền giáo bất hợp pháp” bằng cách thúc giục mọi người ký vào các bản cam kết không theo “bọn xấu” hay các giáo phái nhưng chỉ để tái thiết lập các bàn thờ tổ tiên. Hai tháng trước đó tại Hà Giang, ủy ban tuyên truyền tỉnh đã phát ra bản truyền đơn dày 42 trang nhan đề “Tuyên Truyền và Vận Động Nhân Dân Đừng Theo Các Tôn Giáo Bất Hợp Pháp.” Có tin là hơn một tá Ky Tô Hữu Hmong đã bị giam ở các tỉnh Lai Châu và Lai Cau vào giữa năm 1999.
Vào ngày 7.5, công an đã bố ráp một buổi họp mặt tín hữu thuộc giáo hội Vietnam Assemblies of God Church trong một khách sạn Hà Nội, giam hai mươi người trong nhiều ngày. Công an bắt 2 trong các lãnh tụ giáo hội này, ông Lò Văn Hến (người gốc Thái Đen, trước đó đã được thả ra sau 3 năm tù vào tháng 1.1999), và Mục Sư Trần Đình (Paul) Ái, người đã bị giam 2 năm trong tù vào đầu thập niên 1990s vì các hoạt động tôn giáo và là người đã gặp Báo Cáo Viên Đặc Biệt LHQ Amor trong chuyến ông này thăm VN năm 1998. Lò Văn Hến bị áp giải về nhà ở Điện Biên Phủ, trong khi MS Ái bị công an giam 1 tháng tại một khách sạn Hà Nội, nơi giáo hội này họp trước đó.
Đối với Thiên Chúa Giáo, quan hệ giữa VN và Vatican có một chút ấm hơn với chuyến viếng thăm VN của một phái đoàn Vatican và việc VN chấp thuận việc bổ nhiệm 4 tân giám mục bởi Vatican. Thêm nữa, hồi tháng 9, một nhóm các giám mục từ Hội Đồng Giám Mục Hoa Kỳ đã làm một chue6n viếng thăm lịch sử tại VN, lần đầu của họ kể từ 1975. Hồi năm 1998, hàng chục ngàn tín đồ Thiên Chúa Giáo đã có thể tham dự Lễ Đức Mẹ La Vang ở tỉnh Quảng Trị (LTS: Đúng ra là hàng trăm ngàn.) Tuy nhiên, ít nhất có 3 tu sĩ Dòng Đức Mẹ Đồng Công, bị bắt năm 1987, được suy đoán là vẫn còn trong tù.
KỲ SAU: Tường Trình Nhân Quyền nhận xét thế nào về luật báo chí CSVN, và việc BS Nguyễn Đan Quế đòi lập tổ chức quan sát nhân quyền tại Sài Gòn"