Các nội dung truy tố phải đuợc châp nhận bởi viên chức Ngũ Giác Đài giám sát các toà quân sự thụ lý các vụ án khủng bố - nếu được chấp thuận, al-Nashiri là người đầu tiên bị truy tố tại Hoa Kỳ về vụ đánh chất nổ tàu USS Cole ở Yemen 8 năm truớc làm 17 thủy thủ HoaKỳ tử thương và hàng chục người bị thương. Khi ấy, tàu USS Cole ghé vào cảng Aden để lấy nhiên liệu.
Trong 1 cuộc điều trần ở Guantanamo trong năm qua, al-Nashiri khai rằng y nhận tội vì bị các điều tra viên đánh đập. Y cũng bị tố cáo có vai trò trong vụ tấn công tàu chở dầu của Pháp tên Limburg ngày 6-10-2002 gây thiệt mạng 1 thuyền viên và làm đổ ra biển 90,000 thùng dầu thô.
Theo tin tình báo Hoa Kỳ, al-Nashiri đuợc Bin Laden giao nhiệm vụ tấn công tàu USS Cole, và al-Nashiri cũng là viên chỉ huy hành quân của al-Qaeda trong vùng. Trong lúc điều trần trong năm qua, y nhận đã gặp Bin Laden nhiều lần và đuợc cấp khoảng nửa triệu MK.
Y cho biết số tiền ấy đã đuợc chi dùng vào việc riêng, gồm đám cưới và 1 cuộc thương luợng làm ăn. Theo cung từ, al-Nashiri nói mỗi lần bị thẩm vấn, y bị đánh đập bằng cách khác nhau, và rằng y khai bừa để điều tra viên vui lòng, ngưng đánh đập. 1 nghi can khác trong vụ đánh bom tàu USS Cole đã bị truy tố ở Yemen năm 2004 - y là đối tượng truy nã của Hoa Kỳ, nhưng Yemen không dẫn độ với lý do hiến pháp không cho phép.