Nguyễn Ánh trú lại chùa trên đường phiêu bạt. Đang đêm, một bà tiên hiện ra trong giấc mơ, dạy rằng cứ thắp một nén nhang, đi xuôi dòng sông Hương, khi nào nhang tàn, thì đó là đất có long mạch, sẽ dựng được cơ đồ. Ngài theo lời, dựng kinh thành ở Phú Xuân, lên ngôi lấy hiệu là Gia Long. Nhớ ơn, vua cho trùng tu chùa. Từ đó, dân làng Thọ Xương bắt đầu gọi là"chùa Linh Mụ".